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BioSolvetIT Seesar(药物设计)

BioSolvetIT Seesar(药物设计)

v13.0.5 x64免费版
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  BioSolvetIT Seesar提供药物设计功能,您可以在这款软件上设计新的药物模型,软件提供蛋白质编辑功能,可以在软件上设计新的蛋白质模型,也可以在软件设计分子模型,可以对配体编辑,可以改善配体,可以对接配体,可以评估配体的结合亲和力,可以对齐多种蛋白质的结合位点,让用户可以自由在软件上设计新的药物模型,软件界面提供了演示功能,新用户进入主程序就可以查看官方的基础知识,随后创建新的项目开始设计分子,需要就下载吧。

BioSolvetIT Seesar(药物设计)

软件功能

  日常药物设计仪表板

  SeeSAR是您直观、可视化的药物设计平台。从虚拟筛选到基于片段的设计,SeeSAR涵盖了药物发现过程的每一步,以最有趣和最全面的方式促进构思。

  蛋白质模式

  拖放您的蛋白质,或在在线数据库中轻松搜索。在几秒钟内,您的目标就准备好了,您可以开始了。

  蛋白质编辑器模式

  根据您的需要修改您的蛋白质。探索旋转器,引入突变,并自定义侧链。

  绑定站点模式

  SeeSAR会自动为您检测配体的结合位点。此外,您可以通过添加单个残基来精确扩增它,或者只需单击一下即可找到蛋白质中的空口袋。

  分子编辑器模式

  根据您的喜好即时修改分子 2D 或 3D。完成后,分子将直接为您的任务做好准备。

  分析器模式

  估计亲和力并使用可视化的 HYDE 分数解释结果。过滤化合物中的相关参数,计算ADME特性,并完全控制配体-靶标相互作用。

  吸气器模式

  无限制地构思!发现新的支架,探索并生长成自由空腔,或使用片段库连接分子以获得优雅的解决方案。

  对接方式

  只需单击一下即可对接您的化合物!筛选活性物质库,并本能地评估您的结果。

  相似性扫描模式

  无需基于其分子相似性的目标结构即可对齐化合物。

软件特色

  使用SeeSAR'Midas'进入现代和复杂药物发现的下一阶段。版本 13 被开发为一个功能强大但用户友好的工具,用于生成以目标为导向的结果——只需单击一下!

  这种新颖的构思引擎被称为“MedChemesis”:一种配体突变工具,用于创建一系列与基于常见药物化学反应的查询化合物的紧密类似物。MedChemesis可以在吸气器模式下访问,以对化合物周围的近端化学空间进行采样,以进行有希望的修饰(例如,生物等空间替代羧酸以取代四唑基团,引入卤素或甲基以增加效力,或用碳代替芳香环系统内的氮原子)。MedChemesis 共有 290 种最常见的药物化学转化,以最有效的方式探索了由结合位点拓扑引导的大量类似物,而无需完全列举所有可能性。

  除了几项生活质量软件改进外,还增加了另一个很棒的功能来增强屏幕设计体验:用户现在可以可视化靶标/蛋白质表面。多种着色和可视化选项(基于亲脂性、链式颜色、不透明/透明等)可用于根据您的需要创建有意义的图形。功能还不止于此:所有 3D 表面表示都可以通过 SeeSAR glb 文件导出导出,用于演示,以直观地传递您的科学核心信息!

  重要提示:SeeSAR 13 带有更新的 HYDE 化学模型。因此,SeeSAR 版本 13 和旧版本之间的关联计算可能会有所不同。如果在 SeeSAR 13 中打开使用先前 SeeSAR 版本创建的项目,则需要对姿势进行后续重新评分。

破解方法

  1、将SeeSAR直接安装到电脑,可以自己设置软件的安装地址

BioSolvetIT Seesar(药物设计)

  2、提示软件的安装过程, 等等软件安装结束吧

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  3、将seesar.exe、license.lic复制到软件的安装地址替换完成激活

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  4、打开SeeSAR就可以开始新的项目,也可以查看演示内容

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  5、SeeSAR是英文软件,如果你会使用就可以在软件上开始设计内容吧

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官方教程

  作为练习,我们通过选择间位的氢并将其元素类型更改为“N”,在环上添加一个氨基。

  注:

  在编辑过程中,你会看到所有的氢,但没有估计的亲和力,也没有海德球体。要查看它们,请首先将编辑后的配体添加到表中(使用绿色按钮),然后在表中选择新条目

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  如果你点击分子条目,你会看到估计的亲和力和相关的冠状病毒,但只有极性的氢。编辑器菜单现在已锁定。要继续编辑,请单击中心的“继续”按钮

BioSolvetIT Seesar(药物设计)

  现在让我们在元位置添加一个甲基。同样,将其存储在表中,我们可以看到进一步增加的亲和性估计。

  如果你的想法用完了:试试Inspirator模式。要将你的分子放在那里,请用每行前面的复选框选中它,并将其添加到Inspirator模式。它将帮助你替换分子的一部分,进一步生长分子或合并分子

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  2.添加分子

  如果您想将自己的分子添加到SeeSAR会话中:例如,使用您最喜欢的绘图工具,并将分子保存为sdf-、smiles-或mol2文件。在SeeSAR中切换到Analyzer模式,并通过加载按钮添加分子,或将其复制/粘贴到输入库字段

BioSolvetIT Seesar(药物设计)

  或者,在此处复制/粘贴(ctrl+c/ctrl+v)您的分子(作为smile或sdf)。

  例如,复制下面的三个分子,以更改它们的名称:

  O=C(N1CCC1)c2c3c(NC=C3)ccc2

  O=C(N1CCOCC1)c2c3c(NC=C3)ccc2

  O=C(N1c2c(C(N)ccc2)CC1)c3c4c(NC=C4)ccc3

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  双击分子名称(在这种情况下为“无名称”)进行更改。用回车键确认更改

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  要将所有化合物转移到另一种模式(例如,在对接模式下对接它们),请单击“选中”列,然后选择“全部选中”标记列表中的所有分子。如果你只想转移一些分子,请在列中单独检查它们。

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  单击“将选中的分子添加到模式”,然后选择您选择的模式来处理分子。由于我们要停靠它们,因此将选择停靠模式。对接程序在第3节(对接)中进行了说明

BioSolvetIT Seesar(药物设计)

  也可以在“分子编辑器”模式中创建新分子

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  让我们从苯环开始。一旦你点击“苯”,就会出现一个戒指。使用空格键或通过“实用程序”放大圆环→ ‘焦点视图。

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  您可以在二维和三维窗口中修改分子。在二维中,可以添加环并更改连接类型。在3D中,也可以选择氢原子,并将其替换为“更改元素”图标。您也可以使用元素的热键,例如使用“C”将原子变为碳,或使用“N”将其变为氮。

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  完成后,使用“将编辑的分子保存到表”将分子导出到表中。

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  3.Dockin

  停靠模式用于将分子放置(=停靠)在目标结合位点。

  你需要配体来对接它们。关于如何将分子添加到对接库,请参见第2节(添加分子)。

  注意:如果添加了“对接库”中的所有分子,它们将被对接

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  要开始对接,请按“标准对接:生成姿势”按钮。每个分子最多可以生成10个姿势,因为我们将对接设置保留为默认设置。下一张幻灯片将解释如何调整停靠参数以优化停靠结果

BioSolvetIT Seesar(药物设计)

  “最大姿势数”定义了将为每个分子生成的最大可能姿势数。SeeSAR默认生成10个姿势“冲突容忍度”定义了SeeSAR在对接过程中如何处理配体和起点之间的冲突。对于紧密结合位点,增加对“中等”或“高”的耐受性可能会改善结果“允许环构象”可用于允许能量上不利的环构象(扭曲、船形)

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  “生成的姿势”表将填充“对接库”中配体的生成姿势。要评估生成姿势的相关性,请使用“已检查”列和“全部检查”检查所有姿势

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  然后转到“检查分子的计算”并选择“估计亲和力”。

  注:

  您可以将HYDE计算限制为预先选择的一组检查分子。

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  现在,估计的亲和力显示为对数尺度上的一个范围。

  单击列标题会根据此值进行排序

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  若要在比较中检查多个姿势,请通过将分子标记为参考来切换永久可见性。现在,在选择其他分子时保持可见。你甚至可以给每个分子上色来区分它们。右键单击分子可以计算更多姿势评估参数,或者使用前几张幻灯片中描述的方法为所有检查的分子计算这些参数

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  您可以在分子表窗口中添加注释和描述符。

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更新日志

  [2023-05-17]

  1、增强的 3D 模型导出到 powerpoint

  将 SeeSAR 中的 3D 模型导出为 .glb 文件,用于外部演示工具(如 PowerPoint)已扩展到包括完整的蛋白质,包括色带和表面可视化。

  这种扩展克服了以前的限制,即这种输出仅限于分子和结合位点残基。

  2、对引擎盖

  下化学模型的改进 SeeSAR 13.0 的化学模型已更新,进行了以下更改:

  VSEPR 几何形状的修订

  键长的调整和微调

  改进的芳香性检测

  对含过渡金属化合物的持续支持

  改进蒽醌环系统的构象

  3、改进了引擎盖下的对接算法

  极性相互作用的改善和统一

  改善硫相互作用

  改进和统一的非极性相互作用

  改进了算法的数值稳定性和平台独立性

  改进了排名和重新对接结果

  4、对后台

  评分功能的改进 SeeSAR 13 随附 HYDE 2.0,带来了以下改进:

  将硫氢键视为弱极性相互作用

  考虑所有原子(包括极性原子)的疏水分数贡献

  能够使用球体 (Ph4) 约束作为后置滤波器

  改进了排名和与实验结果的相关性

  改进了算法的数值稳定性和平台独立性

  5、对引擎盖

  下 3D 对齐算法的改进 SeeSAR 13 随附 FlexS 5.0,带来了以下改进:

  改进、统一的极性相互作用和非极性相互作用

  考虑疏水原子对比对的贡献

  改进了基准测试中的对齐结果

  6、对底层

  片段增长算法的改进 SeeSAR 13 随 FastGrow 1.1 一起提供,带来了以下改进(需要最新版本的扩展库):

  修订后的片段数据库,仅包含椅子构象

  SeeSAR 13 附带了一个包含 12K 片段的数据库。更大的片段数据库可以从我们的网站免费下载。

  改进且易于理解的错误消息

  7、常规 SeeSAR 可视化架构更新

  3D 渲染机制已从根本上进行了大修,成为独立于平台的现代化架构。

  SeeSAR的底层用户界面框架也从Qt5升级到了Qt6。此升级的结果是,某些较旧的 Linux 版本不再受支持。所有拥有服务器许可证的用户都必须更新到最新的 Flexlm 11.19.2 许可证包。

  8、项目兼容性

  使用早期 SeeSAR 版本创建的项目迁移到 SeeSAR 13.0 的用户将被告知,所有分数都将重置为 SeeSAR 13.0 中分子处理、化学和相互作用模型的重大改进。用户将有机会保存其旧项目的副本。

  9、面向用户的界面改进

  开始屏幕 开始屏幕

  将不再包含“新增功能”幻灯片,但可以通过 SeeSAR 右上角的新喇叭图标直接链接到更新日志。通过这种方式,所有更改都可以系统地记录在网站上,如果用户想了解新功能,他们只需要关注一个地方!

  “What's New”牛角图标将显示一个“通知点”,以指示新 SeeSAR 版本的可用性,或者用户是否没有单击此按钮来阅读更新日志。

  10、新的热键常用的表格操作现在具有键盘快捷键,适用于所有分子表格:

  检查分子 - ALT+C

  标记为收藏夹 - Alt+F

  将分子设置为活性/非活性 – ALT+A

  11、改进了对 Docking 和 Similarity Scanner 输入的处理 Docking 和 Similarity Scanner 模式下的输入表现在包含复选框,可以选择和删除后续对接或 3D 对齐计算不需要的输入

  分子。

  这种添加克服了以前存在的瓶颈,即输入表中的所有分子都要经过对接或 3D 对齐计算。

  12、改进了对已检查分子的处理

  当在任何表格上“检查”分子时,表格标题上会显示一个关于当前检查的分子总数的附加指标。

  在具有多个表(停靠、相似性扫描器)的模式中,如果在检查多个表中的分子时尝试对检查的分子执行操作,则会警告用户。

  这可以防止意外删除/移动用户可能在当前视图之外的表格不同部分检查过的分子。

  13、改进的通知消息:

  SeeSAR 中通知的传递方式发生了重大变化,确保用户不会错过重要通知。

  基本上有 2 种通知显示给用户:a) 信息(蓝色背景)b) 错误/警告(红色或橙色背景)。

  错误和警告保留在屏幕上,必须由用户显式关闭。

  消息中心中提供了可用消息数的指示。

  在消息中心内,用户现在可以选择“清除所有信息”或“清除所有消息”。

  14、增强的过滤选项

  在“组合过滤器”的标题下,有三个新的过滤器可用于分析仪,可以使用众所周知的标准快速有效地过滤分子,即:

  药物相似性(Lipinski 的 5 法则)

  引线状

  片段相似性

  改进的进度可视化 引入了

  一个直观且功能改进的进度对话框。这种新的进度可视化传达了与当前正在执行的流程的进度相关的三个不同消息,即:

  正在运行的进程的图形表示形式

  已完成执行的百分比

  执行完成的估计剩余时间

  15、改进了对外部 HYDE 评分

  的支持 HYDEscorer 定义文件导出也可从分析器获得,现在还包括所有活动 Ph4 约束的信息,这些信息将用作使用 HYDE 2.0 命令行工具进行计算的后置过滤器。

  注: 这种使用 Ph4 约束的扩展支持在绑定站点模式下不可用。

下载地址

  • Pc版

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